Memprediksi interaksi protein-protein — ScienceDaily
Top Technology

Memprediksi interaksi protein-protein — ScienceDaily

Dalam penelitian yang dipublikasikan di jurnal Sistem Sel, Profesor Lenore Cowen dari Tufts Department of Computer Science dan rekan-rekannya dari Massachusetts Institute of Technology (MIT) berkolaborasi untuk merancang metode pembelajaran mendalam bermotivasi struktural yang dibangun dari kemajuan terbaru dalam pemodelan bahasa saraf. Model pembelajaran mendalam tim, yang disebut D-SCRIPT, mampu memprediksi interaksi protein-protein (PPI) dari urutan asam amino primer.

Prediksi tersebut memungkinkan peneliti untuk memodelkan jaringan PPI dengan metode pengelompokan dan memungkinkan deteksi subjaringan fungsional, atau modul. Para ilmuwan mempelajari jaringan PPI organisme sebagai sarana untuk memahami sirkuit pensinyalan mereka, yang dapat mengarah pada prediksi perilaku sel dan fungsi gen yang lebih baik, sementara menemukan modul fungsional dalam jaringan PPI dapat membantu peneliti mencapai pemahaman yang lebih kuat tentang organisasi fungsional seluler.

Cowen bersama dengan peneliti Sam Sledzieski, Rohit Singh, dan ahli biologi komputasi terkenal Bonnie Berger dari MIT’s Computer Science and Artificial Intelligence Lab menemukan bahwa model D-SCRIPT, yang dilatih pada lebih dari 38.000 PPI manusia, lebih mampu menggeneralisasi jika dibandingkan dengan model saat ini. pendekatan mutakhir (metode pembelajaran mendalam PIPR), dan karena itu dapat mengkarakterisasi protein lalat. Mereka juga menerapkan D-SCRIPT untuk menyaring PPI yang terkait dengan pencernaan sapi dan mengidentifikasi modul gen fungsional yang terkait dengan respons imun dan metabolisme.

Para peneliti menyimpulkan bahwa model D-SCRIPT yang dilatih pada data PPI manusia dapat diterapkan pada banyak spesies yang diminati — secara kritis, bahkan yang jarang dipelajari atau yang kekurangan data PPI.

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Universitas Tufts. Catatan: Konten dapat diedit untuk gaya dan panjangnya.

Posted By : togel hari ini hongkong yang keluar